Zbirka rukopisa

Znanstvena knjižnica posjeduje vi še od 900 rukopisa. Najstariji i najzanimljiviji rukopis je nastao u 10. ili 11. stoljeću u benediktinskom samostanu na otoku Mljetu. Sačuvani fragment rukopisa bio je skriven stoljećima u uvezu inkunabule (Summa aurea de virtutibus et vitiis Gulielmusa Paraldusa tiskana u Bresci 1494. godine). Otkriven je slučajno, kad se inkunabulu pripremalo za konzervaciju. Sada je najstariji rukopis u našoj zbirci. Rukopis je na latinskom jeziku, a napisan je dalmatinskom beneventanom na pergameni. Sadržaj rukopisa se odnosi na zmijske ugrize, a autor je Isidor Seviljski.

Zbirka inkanabula

Zbirka inkanabula sadrži 79 prvotisaka. Najstarija je Cezarov De bello Gallico tiskana u Rimu 1469. godine. Poznati engleski arheolog Sir Arthur Evans je 1932. godine tijekom boravka u Dubrovniku, nakon što je obavio istraživanja u okolici, poklonio inkunabulu De natura angelica (Firenca, 1499.) gradu Dubrovniku i njegovoj Knjižnici. To je ujedno i najvrjednija inkunabula koju Knjižnica posjeduje, a djelo je Jurja Dragišića, franjevca iz Srebrenice u Bosni, napisana u Dubrovniku za vrijeme njegova izbjeglištva iz Bosne. Dragišić je svoje djelo posvetio Senatu Dubrovačke Republike. Sir Arthur Evans je napisao sljedeću posvetu: »Ovu knjigu je darovao kao povijesnu uspomenu gradu Dubrovniku i njegovoj Gradskoj knjižnici Sir Arthur Evans koji je ovdje, kao i njezin autor, prvi put došavši kroz Bosnu, našao gostoljubljivo utočište (1875-1882). Prilikom njegovog ponovnog posjeta Dubrovniku nakon pedeset godina 18. lipnja 1932.

Zbirka libreta

Zbirka libreta sadrži više od 700 libreta iz 18.-19. st. i najbogatija je zbirka u Hrvatskoj. Sva libreta potječu iz ostavštine Dubrovčanina, ljekarnika Luke Drobca (1812-1876).

Zbirka korespondencije

Zbirka korespondencije sastoji se od više od 800 pisama nastalih od 18. do 20. stoljeća. Većinu pisama napisali su poznati ljudi iz Dubrovnika na raznim jezicima. Vrlo važna akvizicija Znanstvene knjižnice u 2003. godini je korespondencija dr Zdravka Šundrice, dobivena na poklon od njegove udovice, prof. Pavice Šundrica. Sadrži višegodišnju (1950-1979) prepisku sa znanstvenicima koji su na osnovi rada u dubrovačkim kulturnim i javnim ustanovama i objavljivali svoje znanstvene i stručne radove.

Zbirka starih i rijetkih knjiga

Zbirka starih i rijetkih knjiga broji više od 10.000 svezaka koji datiraju od početka 16. stoljeća do pada Dubrovačke Republike 1808. godine. Ove knjige su pripadale građanima Dubrovnika koji su živjeli u Dubrovniku za vrijeme Dubrovačke Republike. Iz naslova koji su se nalazili u ondašnjim privatnim knjižnicama možemo vidjeti što je od literature bilo popularno u Dubrovniku tijekom stoljeća do pada Republike.

Jedna od najstarijih tiskanih knjiga koju čuva Znanstvena knjižnica je Misal hrvacki tiskan 1531. godine na hrvatskom staroslavenskom jeziku, pisana glagoljicom. Samo 14 primjeraka ovog djela je sačuvano u svijetu. (Dubrovnik, Zagreb, otok Krk, Ljubljana, London, Oxford, Rim, Vatikan, Moskva, Petrograd, Odessa i Wroclaw).